到达宣化附近的黄帝氏族，在宣化之南的涿鹿盆地定居下来。盆地南部有一座涿鹿山，状若巨屏，壮阔雄伟，涿鹿盆地因山而得名。涿鹿山之南有两座尖峰，即灵山与东灵山。涿鹿山和灵山、东灵山成为涿鹿盆地的耀眼景观。涿鹿盆地不但有山，而且有水，西边的阪泉（七旗泉）水，东边的蚩尤泉水，并行北流，汇入涿水（清水河）。有山有水的涿鹿盆地成为黄帝氏族的聚居地。
车夫《涿鹿之野——黄帝故乡游记》一文记述:“涿鹿之野，你这近五千年的历史巨著啊，写下多少古老的传说。”“相传四千多年前，在中国北方广阔的疆域上，生活着上百个上古时代的大小部族，他们拥戴轩辕黄帝为君主。”
“拥戴轩辕黄帝为君主”的是什么国家呢?记述涿鹿的文章皆未点名，乃是令人不解的悬案。不过，我们翻阅《中国古代历史地图册》，能从《传说中的长江黄河下游原始部落分布图》中找到答案:涿鹿标志大号字“有熊氏（黄帝）”，并标志会战地点符号，新郑仅标志“有熊”两个小号字，证明涿鹿就是黄帝与蚩尤进行“涿鹿之战”的“有熊国”，为神农氏王朝的诸侯国之一。有熊国在涿鹿山之北建筑“有熊城”作为国都。涿鹿之战擒杀蚩尤，“诸侯咸尊轩辕为天子，是为黄帝”，国都遂称“黄帝城”。
西晋皇甫谧《帝王世纪》曰:“新郑，古有熊国，黄帝之所都，受国于有熊，居轩辕之丘。”古人将“有熊国”与“有熊氏”王朝混为一谈，弄得含糊不清。新郑，并非轩辕国君的“有熊国”之都，而是黄帝“有熊氏”王朝之都。故炎帝榆罔遭受蚩尤逼迫，从都城曲阜撤退求援于有熊国君轩辕时，不是西去新郑，而是北去涿鹿。轩辕国君在涿鹿之战中擒杀蚩尤，被拥戴为天子，“是为黄帝”，建立“有熊氏”王朝，“邑于涿鹿之阿”，建都黄帝城，后来南迁于新郑，其事甚明。
有熊国，以熊为图腾。少典国君薨，其子轩辕继位。轩辕年少为国君，很有作为。《史记.五帝本纪》记述:“轩辕……生而神灵，弱而能言。幼而徇齐（伶俐），长而敦敏（勤勉），成而聪明。”
轩辕国君不但善于治国，而且长于军事，为中国历史上第一位军事家。沈起《吴子序》云:“兵法始于黄帝，其后得其传者，周（朝）太公（姜尚），齐（国）管仲，吴（国）孙武，魏（国）曹操，蜀（汉）诸葛亮，其书皆行于世。”
中国最著名的兵书《孙子兵法.行军篇》，记述了黄帝的军事思想:
孙子曰:凡处军、相敌:绝山依谷，视生处高，战隆无登，此处山之军也。绝水必远水；客绝水而来，忽迎之于水内，令半济而击之，利；欲战者，无附于水而迎客；视生处高，无迎流水，此处水上之军也。绝斥泽（盐碱沼泽地），惟亟去无留；若交军于斥泽之中，必依水草而背众树，此处斥泽之军也。平陆处易而右北高，前死后生，此处平地之军也。凡此四军之利，黄帝之所以胜四帝（四方诸侯）也。
在行军、驻扎、作战中，黄帝对于“处山之军”“处水上之军”“处斥泽之军”“处平陆之军”，皆有处军、相敌的战略战术:
“处山之军”，通过山地，要靠近有水草的山谷；要驻扎在居高向阳的地方；不要仰攻高处之敌。
“处水上之军”，横渡江河，在远离江河处驻扎；敌人渡水来战，要等它渡过一半时出击；同敌人决战，不要在水边布阵；在江河地带驻扎，要居高地向阳处，居上游勿居下游。
“处斥泽之军”，通过盐碱沼泽地带，要迅速离开莫停留；同敌人相遇于盐碱沼泽地带，须靠近水草，背靠树林。
“处平陆之军”，要占领平坦开阔地带，侧翼应倚托高地，做到后高前低。
黄帝处军、相敌得当，得此四军之利，因而战胜了四方诸侯。
《孙子兵法.始计篇》云:“未战庙算胜者，得算多也；未战而庙算不胜者，得算少也。”《淮南子.兵略训》曰:“凡用兵者，必先自庙战:主孰贤?将孰能?民孰附?国孰治?蓄积孰多?士卒孰精?甲兵孰利?器备孰便?故运筹于庙堂之上，而决胜于千里之外矣。”
庙算，又作庙战，是指兴师作战之前，在庙堂谋划，制定作战方略。庙算的项目是多方面的:人主贤能否?将帅能战否?人民归附否?国家治理否?财物积蓄够多否?士卒精悍否?铠甲兵器坚利否?器具便捷否?认真作庙算，可“运筹于庙堂之上，而决胜于千里之外”。
黄帝在作战前多作庙算，所以百战百胜。春秋时思想家邓析《无厚》诗云:
庙筭千里，帷幄之奇。
百战百胜，黄帝之师。
古籍之中多有关于黄帝治军的记述。《通典》:“黄帝振兵，设五（彩）旗。”《黄帝内传》:“帝制五彩旗，指顾向背。”《黄帝出军诀》:“攻伐作五彩牙旗，青引东、赤南、白西、黑北、中黄是也。”《礼志》:“黄帝使岐伯作军乐凯歌。”《唐书.乐志》:“黄帝使岐伯作鼓吹（之乐），以扬德建威。”
黄帝制作五彩旗用作指挥联络、青色旗指引向东、赤色旗指引向南、白色旗指引向西、黑色旗指引向北、黄色旗指引向中，用击鼓奏乐发扬军威，鼓舞士气。
一天夜里，轩辕国君做了一个异梦，梦见两个奇人。《帝王世纪》记述:“黄帝梦大风吹天下之尘垢皆去，又梦人执千钧之弩，驱羊万群。帝寤（醒）而叹曰:‘风为号令执政者也。垢去土后在也。天下岂有姓风名后者哉?夫千钧之弩，异力也，驱羊数万群，能牧民为善者也。天下岂有姓力名牧者也?’于是依二占（卜筮不过三）而求之，得风后于海隅[3]，登以为相。得力牧于大泽[4]，进以为将。黄帝因著《占梦经》十一卷。”
轩辕国君有魄力，派人去海隅访得风后，任以为相；派人去大泽访得力牧，命以为将。风后、力牧与神皇直、应龙等诸位将相在而后的涿鹿之战中，发挥了重要作用。
约在黄帝纪元前1年（约公元前2699年），轩辕国君时年一十七岁，发生了两件大事:第一件，在初春时节，炎帝榆罔率领神农氏王朝人马、部众，由都城曲阜撤退，来到有熊国寻求支援；第二件，在初夏时节，蚩尤率领九黎族人马赶来涿鹿，寻求会战，图谋夺取天下，好做天子。
炎帝榆罔到达有熊国，轩辕国君以迎接天子的礼仪排列仪仗队，敲鼓奏乐，将炎帝迎入城内，安置住进国宾馆。轩辕国君对炎帝榆罔表示慰问，说天子年事已高，长途跋涉，实在辛劳。炎帝表示，榆罔老矣，无力管理天下大事，盼望轩辕君多多出力，又说，蚩尤得了曲阜，伪称“炎帝”，但他不会满足，不久将会赶来涿鹿寻求会战，以夺取天下，必须认真对待。轩辕国君点头称是，向炎帝表示，将征师诸侯，合力打败蚩尤!
不出炎帝所料，到了初夏时节，蚩尤果然率领九黎族人马赶来涿鹿。他欺负榆罔年老、轩辕年轻，企图速战速决，一举打败榆罔、轩辕而夺取天下。可是到了涿鹿一看，有熊城高而坚固，不好对付，又担心轩辕来攻，于是，决定在有熊城东南修筑城寨，以便与有熊城对垒。
黄帝与蚩尤的战争，史称“涿鹿之战”，古战场位于河北省涿鹿县东南部，在涿鹿山之北、矾山以西地区。在涿鹿山之北5公里，矾山镇之西3公里处，是有熊城。在有熊城东南3公里处，有蚩尤兵寨、蚩尤泉，遗迹尚存。
有熊城，后来称黄帝城，为正方形，建筑在土丘上，夯土筑造，残存城墙最高处有6米，底部厚7米，周长约3公里。
蚩尤兵寨，亦名蚩尤城，在今矾山镇南1.5公里处，有3个城寨，长宽各百米左右，南、北、中三塞犄角相依，毗连相应。今人参观记述:“躬身俯视深几丈许的蚩尤寨壁，夯土所筑，夯土上层很厚，夯窝极稀。历史学家推知，蚩尤从南方追逐炎帝到涿鹿，一边打仗，一边建寨，仓促建之，所以远不如黄帝城夯土坚硬，夯窝紧密。”（万烨《蚩尤寨感怀》）蚩尤泉在蚩尤寨附近，水色清澈，水质甘甜，为九黎族人马饮用泉。
《史记.五帝本纪》载:“蚩尤作乱，不用帝命，于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。”黄帝是如何“禽杀蚩尤”的呢?《山海经.大荒北经》云:“蚩尤作兵伐黄帝，黄帝使应龙攻之冀州之野。应龙畜（蓄）水。蚩尤请风伯、雨师，纵大风雨。黄帝乃下天女曰魃。雨止，遂杀蚩尤。”又《大荒东经》云:“应龙处南极（南方），杀蚩尤。”
范文澜先生《中国通史》记评:“九黎族驱逐炎帝族，直到涿鹿，后炎帝族联合黄帝族与九黎族在涿鹿大械斗，蚩尤请风伯、雨师作大风雨，黄帝也请天女魃下来相助。这些荒诞的神话，暗示着这场冲突非常激烈，结果蚩尤斗败被杀。”
按照《大荒东经》所说“应龙处南极，杀蚩尤”的说法，应龙是战败蚩尤的主角。那么，应龙是何种身份呢?一说，“应龙，龙有翼者[5]”，就是能飞的龙。地球史上，在距今两亿年至七千万年前，存在过恐龙，其中有能飞的翼龙。不过，在距今四千六百多年前涿鹿之战时，恐龙早已灭绝了，不可能有翼龙来助战。所谓“应龙，龙有翼者”，并不可信。另一说，应龙是黄帝大将，“处南极”“畜水”“杀蚩尤”，则在理可信。
古称蚩尤为“战神”，古籍中有记载。《尚书.吕刑》曰:“若古有训，蚩尤惟始作乱，延及于平民，罔不寇贼，鸱义奸宄（guǐ），夺攘雉虔。”周秉钧译《白话尚书.吕刑》:“古代有遗训，蚩尤开始作乱，扩大到平民百姓，无不寇掠贼害，冒没不正，内外作乱，争夺窃盗，诈骗强取。”《龙鱼河图》曰:“黄帝摄政[6]，有蚩尤兄弟八十一人，并兽身人语[7]，铜头铁额[8]，食沙[9]。造五兵（五种兵器），仗（执）刀戟大弩，威震天下，诛杀无道。”
强敌当前，轩辕国君全力应战，与将相们作庙算，商讨对策。应龙将军提出，对付蚩尤不宜硬拼，要以智谋取胜。蚩尤兵寨建筑在灵山河谷，待秋雨蓄水，水淹蚩尤，一举可擒。应龙将军所见，正与轩辕国君不谋而合。
轩辕国君指着羊皮地图讲解:有熊城、蚩尤兵寨南面，是涿鹿山，涿鹿山南面是灵山，在灵山与涿鹿山之间，有一条灵山河谷，北通涿鹿盆地，河谷平时无水，并不引人注意。蚩尤从南方赶来涿鹿，看到我有熊城高而坚固，对我无可奈何，又担心我方攻打，于是抓紧修筑兵寨，以便与我对垒。蚩尤初来乍到，地形不熟，雨季不知，语言不通，情况不明，竟把兵寨建在河谷中。我军可在涿鹿山南面灵山河谷水关口秘密筑坝，待秋季大雨蓄水，开坝放水淹蚩尤，有把握一举擒之!众人听罢，兴奋地鼓掌。
轩辕国君宣布:命令应龙将军秘密领兵驻守水关口，修筑拦河坝，准备秋季大雨蓄水，待命开坝水淹蚩尤。应龙将军领命。
轩辕国君又宣布:力牧将军、神皇直将军到时擒拿蚩尤，其人力大凶悍，非能执千钧之弩的力牧将军不可，神皇直将军予以协助。力牧、神皇直二将军领命。
风后相国提议，夏、秋之间，涿鹿盆地多雾[10]，军队会迷失方向，臣拟制造指南车，用来指示方向。轩辕国君说，指南车古来未有，爱卿制造指南车用来指示方向，协同打败蚩尤，乃天下之福!将相们兴高采烈，期望早日造出指南车。
庙算之后，各将加紧练兵。在有熊城之南的七旗泉（阪泉），树起了熊、罴（pí）、貔（pí）、貅（xiū）、豸区（chū）、虎、龟七杆图腾大旗，标志着许多部族共同对敌，军威大振!
《孙子兵法》说“凡军好高而恶下”。兵家喜欢高处而讨厌低处。蚩尤在河谷筑城，犯了兵家大忌。由此观之，“战神”蚩尤，勇悍有余，而智谋不足。纵可逞雄一时，却难以长久。
有熊国不时派兵出击蚩尤兵寨，把蚩尤的注意力吸引到有熊城，防止他南顾，破坏应龙将军水关口筑坝。蚩尤派兵出击，有熊兵即退入有熊城，蚩尤无可奈何。这种情况形成拉锯战势，战斗频繁，据说有五十二战之多。
夏季过去，秋季来临。天气渐渐起了变化，乌云密布，闷热烦人。轩辕国君知道与蚩尤决战的时刻快到了。风后相国造成指南车[11]，在都城东南的“定车台”，作了定车演练，国君和将相都很兴奋。据说，指南车的指南全靠奇妙的机械性能，关键在于中心大平轮与附足立子轮或联或断地自动联合。这种巧妙的设计乃是中国古代技术的卓越成就。
接着大雨连天，灵山河谷积蓄了大量的洪水。大雨过后，轩辕国君密令应龙将军:天黑前夕，开坝放水淹蚩尤。
应龙将军指挥官兵掘开水关口大坝，洪水如万马奔腾，向涿鹿盆地冲去。蚩尤兵寨里，官兵开过晚饭，忽然听到哗啦啦的流水声，奈何雾气笼罩，夜幕降临，看不清楚。洪水猛冲过来，众人措手不及，有的被水卷走，有的挣扎着爬上岸逃命，狼狈不堪。
雾气加上夜幕，使人分不清方向。风后相国指挥指南车，紧随轩辕国君指示方向。国君命令敲鼓、吹号角，传达命令。埋伏的军队点燃火把，围攻蚩尤兵，许多士兵被木杵、石斧击毙在水里，鲜血染红了流水，蚩尤兵丢弃的木杵，随着血水漂流，古书中因而有“血流漂杵[12]”的记述。爬上岸的蚩尤兵，在雾气、夜幕的掩护下向外逃跑，不料都被活捉。
九黎族首领蚩尤一生勇悍，此时被洪水冲泡如落汤鸡，英雄已无用武之地，在阪泉刚爬上岸，就被力牧将军和神皇直将军擒获。蚩尤死命反抗，奈何挣不脱能执千钧之弩的力牧将军的双手。蚩尤明白反抗无用，于是束手就擒。《志林》云:“黄帝与蚩尤战于涿鹿之野。蚩尤作大雾（实为自然之雾），弥（漫）三日，军人皆（迷）惑。黄帝乃令风后（设）法斗机（谋），作指南车，以别四方，遂擒蚩尤。”
约黄帝纪元前1年（公元前2699年）初秋，轩辕国君指挥有熊国、神农氏王朝和诸侯联军打败蚩尤，获得全胜。唐代诗人胡曾《涿鹿》诗咏道:
涿鹿茫茫百草秋，轩辕曾此破蚩尤。
丹霞遥映山前水，疑是成川血尚流。
涿鹿之战的胜利，归功于轩辕国君统帅指挥英明、应龙将军筑坝蓄水有功、风后相国创造指南车有贡献。民国初年，中华民国临时大总统孙中山先生《祭黄帝陵文》曰:
中华开国五千年，神州轩辕自古传，创造指南车，平定蚩尤乱，世界文明，唯有我先。
人们欢欣跳跃，将年轻的轩辕国君尊为英雄、圣人，崇敬不已。天下诸侯心中敬佩，一致拥戴轩辕为天子，恭请他掌管天下。《史记.五帝本纪》载:“诸侯咸（皆）尊轩辕为天子，代神农氏，是为黄帝。”有熊国君为黄帝，有熊城遂为黄帝城。
黄帝处置蚩尤时，根据各方面人士的要求，将其处以极刑。《帝王世纪》云:“蚩尤氏强，与榆罔争王于涿鹿之阿，黄帝使力牧、神皇直讨（伐）蚩尤氏，擒于涿鹿之野，使应龙杀之凶黎之谷[13]。”《黄帝内传》云:“擒蚩尤于阪泉（七旗泉）之上，帝以金（铜）钺（yuè）斩之。帝斩蚩尤，悬首军门，以威天下，其众流于八荒之外。帝斩蚩尤，设棺椁。帝斩蚩尤，因置冢墓。”蚩尤被擒于阪泉，后人戏称其曰“阪泉氏”。
相传应龙将军奉命处斩了蚩尤，又肢解了蚩尤尸体，分葬于四处。据古今记载，黄帝城东北的李官营村（今怀来县西南）有“蚩尤坟”，黄帝城西北历山下保岱村有“蚩尤坟”，山东梁山县开河乡有“蚩尤坟”，山东巨野县东北也有“蚩尤坟”。
据近世发现，上述四座“蚩尤坟”，并不是蚩尤真墓。蚩尤真墓在涿鹿县矾山镇塔寺村白龙岭。任德荃《蚩尤墓地》一文记述:“黄帝战败蚩尤后，他在众部落的强烈要求下，诛杀了为害一方的蚩尤。而被尊称‘战神’的蚩尤的尸体，由蚩尤部落人立即抢回，用部落内一匹战马驮起，东突西闯。……当抢夺蚩尤尸体的人逃至八卦村（今怀来县李官营乡）时，被黄帝的大将应龙追上了。应龙大声喝问:蚩尤的尸体在哪里?蚩尤部落兄弟以为应龙连蚩尤的尸体都不放过，就随意指了一个身首分离的士兵，示意这就是蚩尤的尸体。应龙……见‘蚩尤’确实身首分离了，也没有再问下去。于是，他就按照黄帝的吩咐，在八卦村附近选择了一块田地，将蚩尤安葬下来，并在安葬时堆起了两个相同的坟堆。
“此时，运送蚩尤尸体的兄弟生怕应龙再追杀上来……他们轮流背着蚩尤的尸体往前走，终于在柳树庄村（今涿鹿县矾山镇柳树庄村）西的半山找了一个山洞，才将蚩尤的尸体暂时安放下来。度过了兵荒马乱的时期后，他们在山下选择了一块风水宝地，即现在的塔寺村东侧，正式将蚩尤进行了安葬。为避免黄帝部落对蚩尤的再度残害，他们只树了一块无字碑，在碑上刻了四条白龙以示铭记。给安葬蚩尤真身的墓地取名白龙岭，后来在此建起白龙祠。蚩尤部族人每到农历四月五日、农历七月十五日，都纷纷从四面八方赶来祭拜。此俗一直延续至今。”确立了蚩尤在炎黄蚩三祖文化中的地位，蚩尤真墓终于公开了。
黄帝纪元4693年（公元1995年），全国首届炎黄蚩三祖文化学术研究会，在涿鹿召开，确立涿鹿为炎黄蚩三祖文化的发祥地。会议之后，在黄帝城、黄帝泉、轩辕湖之间，兴建了“中华三祖堂”，堂内供奉三祖坐像:黄帝塑像居中，略高于炎、蚩二祖，双目凝视前方，庄重而安祥，体现出政治家的睿智、军事家的韬略；炎帝塑像居右，身披稼禾，左手抬起，双目沉思，体现出播五谷、尝百草发展农业和医药固有的勤劳、慈善和无畏；蚩尤塑像居左，右手叉腰，左手握拳，身着兽皮，双目圆睁，体现出战神的勇武、顽强和不屈。
涿鹿“中华三祖堂”，成为炎、黄、蚩三祖文化发祥地的象征。
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